KDM5A

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2JXJ, 2KGG, 2KGI, 3GL6, 5C11, 5E6H, 5IWF, 5IVV, 5ISL, 5CEH, 5IVB

Ідентифікатори

Символи

KDM5A, RBBP-2, RBBP2, RBP2, JARID1A, lysine demethylase 5A

Зовнішні ІД

OMIM: 180202 MGI: 2136980 HomoloGene: 3419 GeneCards: KDM5A

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • chromatin binding • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • oxidoreductase activity • chromatin DNA binding • histone demethylase activity • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • zinc ion binding • methylated histone binding • GO:0031493 histone binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex • нуклеоплазма • protein-DNA complex • ядерце • клітинне ядро • histone methyltransferase complex
Біологічний процес	• male gonad development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • circadian regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • multicellular organism development • Сперматогенез • negative regulation of histone deacetylase activity • histone H3-K9 demethylation • histone H3-K4 demethylation • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • regulation of DNA-binding transcription factor activity • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • ремоделювання хроматину
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


5927


214899

Ensembl


ENSG00000073614


ENSMUSG00000030180

UniProt


P29375


Q3UXZ9

RefSeq (мРНК)


NM_005056 NM_001042603


NM_145997

RefSeq (білок)


NP_001036068


NP_666109

Локус (UCSC)

Хр. 12: 0.28 – 0.39 Mb

Хр. 6: 120.34 – 120.42 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KDM5A (англ. Lysine demethylase 5A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 690 амінокислот, а молекулярна маса — 192 095^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAGVGPGGYA	AEFVPPPECP	VFEPSWEEFT	DPLSFIGRIR	PLAEKTGICK
IRPPKDWQPP	FACEVKSFRF	TPRVQRLNEL	EAMTRVRLDF	LDQLAKFWEL
QGSTLKIPVV	ERKILDLYAL	SKIVASKGGF	EMVTKEKKWS	KVGSRLGYLP
GKGTGSLLKS	HYERILYPYE	LFQSGVSLMG	VQMPNLDLKE	KVEPEVLSTD
TQTSPEPGTR	MNILPKRTRR	VKTQSESGDV	SRNTELKKLQ	IFGAGPKVVG
LAMGTKDKED	EVTRRRKVTN	RSDAFNMQMR	QRKGTLSVNF	VDLYVCMFCG
RGNNEDKLLL	CDGCDDSYHT	FCLIPPLPDV	PKGDWRCPKC	VAEECSKPRE
AFGFEQAVRE	YTLQSFGEMA	DNFKSDYFNM	PVHMVPTELV	EKEFWRLVSS
IEEDVIVEYG	ADISSKDFGS	GFPVKDGRRK	ILPEEEEYAL	SGWNLNNMPV
LEQSVLAHIN	VDISGMKVPW	LYVGMCFSSF	CWHIEDHWSY	SINYLHWGEP
KTWYGVPSHA	AEQLEEVMRE	LAPELFESQP	DLLHQLVTIM	NPNVLMEHGV
PVYRTNQCAG	EFVVTFPRAY	HSGFNQGYNF	AEAVNFCTAD	WLPIGRQCVN
HYRRLRRHCV	FSHEELIFKM	AADPECLDVG	LAAMVCKELT	LMTEEETRLR
ESVVQMGVLM	SEEEVFELVP	DDERQCSACR	TTCFLSALTC	SCNPERLVCL
YHPTDLCPCP	MQKKCLRYRY	PLEDLPSLLY	GVKVRAQSYD	TWVSRVTEAL
SANFNHKKDL	IELRVMLEDA	EDRKYPENDL	FRKLRDAVKE	AETCASVAQL
LLSKKQKHRQ	SPDSGRTRTK	LTVEELKAFV	QQLFSLPCVI	SQARQVKNLL
DDVEEFHERA	QEAMMDETPD	SSKLQMLIDM	GSSLYVELPE	LPRLKQELQQ
ARWLDEVRLT	LSDPQQVTLD	VMKKLIDSGV	GLAPHHAVEK	AMAELQELLT
VSERWEEKAK	VCLQARPRHS	VASLESIVNE	AKNIPAFLPN	VLSLKEALQK
AREWTAKVEA	IQSGSNYAYL	EQLESLSAKG	RPIPVRLEAL	PQVESQVAAA
RAWRERTGRT	FLKKNSSHTL	LQVLSPRTDI	GVYGSGKNRR	KKVKELIEKE
KEKDLDLEPL	SDLEEGLEET	RDTAMVVAVF	KEREQKEIEA	MHSLRAANLA
KMTMVDRIEE	VKFCICRKTA	SGFMLQCELC	KDWFHNSCVP	LPKSSSQKKG
SSWQAKEVKF	LCPLCMRSRR	PRLETILSLL	VSLQKLPVRL	PEGEALQCLT
ERAMSWQDRA	RQALATDELS	SALAKLSVLS	QRMVEQAARE	KTEKIISAEL
QKAAANPDLQ	GHLPSFQQSA	FNRVVSSVSS	SPRQTMDYDD	EETDSDEDIR
ETYGYDMKDT	ASVKSSSSLE	PNLFCDEEIP	IKSEEVVTHM	WTAPSFCAEH
AYSSASKSCS	QGSSTPRKQP	RKSPLVPRSL	EPPVLELSPG	AKAQLEELMM
VGDLLEVSLD	ETQHIWRILQ	ATHPPSEDRF	LHIMEDDSME	EKPLKVKGKD
SSEKKRKRKL	EKVEQLFGEG	KQKSKELKKM	DKPRKKKLKL	GADKSKELNK
LAKKLAKEEE	RKKKKEKAAA	AKVELVKEST	EKKREKKVLD	IPSKYDWSGA
EESDDENAVC	AAQNCQRPCK	DKVDWVQCDG	GCDEWFHQVC	VGVSPEMAEN
EDYICINCAK	KQGPVSPGPA	PPPSFIMSYK	LPMEDLKETS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, активаторів, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Kim Y.W., Otterson G.A., Kratzke R.A., Coxon A.B., Kaye F.J. (1994). Differential specificity for binding of retinoblastoma binding protein 2 to RB, p107, and TATA-binding protein. Mol. Cell. Biol. 14: 7256—7264. PMID 7935440 DOI:10.1128/MCB.14.11.7256
Mao S., Neale G.A.M., Goorha R.M. (1997). T-cell oncogene rhombotin-2 interacts with retinoblastoma-binding protein 2. Oncogene. 14: 1531—1539. PMID 9129143 DOI:10.1038/sj.onc.1200988
Chan S.W., Hong W. (2001). Retinoblastoma-binding protein 2 (Rbp2) potentiates nuclear hormone receptor-mediated transcription. J. Biol. Chem. 276: 28402—28412. PMID 11358960 DOI:10.1074/jbc.M100313200
Benevolenskaya E.V., Murray H.L., Branton P., Young R.A., Kaelin W.G. Jr. (2005). Binding of pRB to the PHD protein RBP2 promotes cellular differentiation. Mol. Cell. 18: 623—635. PMID 15949438 DOI:10.1016/j.molcel.2005.05.012
Secombe J., Li L., Carlos L., Eisenman R.N. (2007). The Trithorax group protein Lid is a trimethyl histone H3K4 demethylase required for dMyc-induced cell growth. Genes Dev. 21: 537—551. PMID 17311883 DOI:10.1101/gad.1523007

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9886 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, P29375 (англ.) . Архів оригіналу за 8 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 12

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма