SMARCC1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2YUS

Ідентифікатори

Символи

SMARCC1, BAF155, CRACC1, Rsc8, SRG3, SWI3, SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 1

Зовнішні ІД

OMIM: 601732 MGI: 1203524 HomoloGene: 68296 GeneCards: SMARCC1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • protein N-terminus binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleosomal DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0031493 histone binding
Клітинна компонента	• nBAF complex • SWI/SNF complex • внутрішньоклітинний • нуклеоплазма • XY body • npBAF complex • клітинне ядро • цитоплазма • GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	• ремоделювання хроматину • GO:1901047 insulin receptor signaling pathway • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • prostate gland development • transcription, DNA-templated • нейробіологія розвитку • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • nucleosome disassembly • negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process • animal organ morphogenesis • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6599


20588

Ensembl


ENSG00000173473


ENSMUSG00000032481

UniProt


Q92922 Q58EY4


P97496

RefSeq (мРНК)


NM_003074


NM_009211

RefSeq (білок)


NP_003065 NP_003065.3


NP_033237

Локус (UCSC)

Хр. 3: 47.59 – 47.78 Mb

Хр. 9: 109.95 – 110.07 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SMARCC1 (англ. SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 105 амінокислот, а молекулярна маса — 122 867^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAAAAGGGGP	GTAVGATGSG	IAAAAAGLAV	YRRKDGGPAT	KFWESPETVS
QLDSVRVWLG	KHYKKYVHAD	APTNKTLAGL	VVQLLQFQED	AFGKHVTNPA
FTKLPAKCFM	DFKAGGALCH	ILGAAYKYKN	EQGWRRFDLQ	NPSRMDRNVE
MFMNIEKTLV	QNNCLTRPNI	YLIPDIDLKL	ANKLKDIIKR	HQGTFTDEKS
KASHHIYPYS	SSQDDEEWLR	PVMRKEKQVL	VHWGFYPDSY	DTWVHSNDVD
AEIEDPPIPE	KPWKVHVKWI	LDTDIFNEWM	NEEDYEVDEN	RKPVSFRQRI
STKNEEPVRS	PERRDRKASA	NARKRKHSPS	PPPPTPTESR	KKSGKKGQAS
LYGKRRSQKE	EDEQEDLTKD	MEDPTPVPNI	EEVVLPKNVN	LKKDSENTPV
KGGTVADLDE	QDEETVTAGG	KEDEDPAKGD	QSRSVDLGED	NVTEQTNHII
IPSYASWFDY	NCIHVIERRA	LPEFFNGKNK	SKTPEIYLAY	RNFMIDTYRL
NPQEYLTSTA	CRRNLTGDVC	AVMRVHAFLE	QWGLVNYQVD	PESRPMAMGP
PPTPHFNVLA	DTPSGLVPLH	LRSPQVPAAQ	QMLNFPEKNK	EKPVDLQNFG
LRTDIYSKKT	LAKSKGASAG	REWTEQETLL	LLEALEMYKD	DWNKVSEHVG
SRTQDECILH	FLRLPIEDPY	LENSDASLGP	LAYQPVPFSQ	SGNPVMSTVA
FLASVVDPRV	ASAAAKAALE	EFSRVREEVP	LELVEAHVKK	VQEAARASGK
VDPTYGLESS	CIAGTGPDEP	EKLEGAEEEK	MEADPDGQQP	EKAENKVENE
TDEGDKAQDG	ENEKNSEKEQ	DSEVSEDTKS	EEKETEENKE	LTDTCKERES
DTGKKKVEHE	ISEGNVATAA	AAALASAATK	AKHLAAVEER	KIKSLVALLV
ETQMKKLEIK	LRHFEELETI	MDREKEALEQ	QRQQLLTERQ	NFHMEQLKYA
ELRARQQMEQ	QQHGQNPQQA	HQHSGGPGLA	PLGAAGHPGM	MPHQQPPPYP
LMHHQMPPPH	PPQPGQIPGP	GSMMPGQHMP	GRMIPTVAAN	IHPSGSGPTP
PGMPPMPGNI	LGPRVPLTAP	NGMYPPPPQQ	QPPPPPPADG	VPPPPAPGPP
ASAAP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, нейрогенез, поліморфізм, ацетиляція. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Sif S., Stukenberg P.T., Kirschner M.W., Kingston R.E. (1998). Mitotic inactivation of a human SWI/SNF chromatin remodeling complex. Genes Dev. 12: 2842—2851. PMID 9744861 DOI:10.1101/gad.12.18.2842
Kowenz-Leutz E., Pless O., Dittmar G., Knoblich M., Leutz A. (2010). Crosstalk between C/EBPbeta phosphorylation, arginine methylation, and SWI/SNF/Mediator implies an indexing transcription factor code. EMBO J. 29: 1105—1115. PMID 20111005 DOI:10.1038/emboj.2010.3
Phelan M.L., Sif S., Narlikar G.J., Kingston R.E. (1999). Reconstitution of a core chromatin remodeling complex from SWI/SNF subunits. Mol. Cell. 3: 247—253. PMID 10078207 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80315-9
Shanahan F., Seghezzi W., Parry D., Mahony D., Lees E. (1999). Cyclin E associates with BAF155 and BRG1, components of the mammalian SWI-SNF complex, and alters the ability of BRG1 to induce growth arrest. Mol. Cell. Biol. 19: 1460—1469. PMID 9891079 DOI:10.1128/MCB.19.2.1460
Sif S., Saurin A.J., Imbalzano A.N., Kingston R.E. (2001). Purification and characterization of mSin3A-containing Brg1 and hBrm chromatin remodeling complexes. Genes Dev. 15: 603—618. PMID 11238380 DOI:10.1101/gad.872801

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11104 (англ.) . Архів оригіналу за 23 травня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.
↑ UniProt, Q92922 (англ.) . Архів оригіналу за 7 серпня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.